Phát hiện và đặc điểm di truyền virus tembusu ở vịt tại miền bắc việt nam: cảnh báo từ những chủng virus mới

Giới thiệu

Virus Tembusu (TMUV) là một loại virus thuộc họ Flaviviridae, do muỗi truyền, gây bệnh nghiêm trọng trên vịt với các triệu chứng thần kinh và giảm sản lượng trứng. Lần đầu phát hiện vào năm 1955 tại Malaysia, TMUV đến nay đã được ghi nhận ở nhiều quốc gia châu Á và vẫn đang lưu hành rộng rãi. Virus có bộ gen RNA sợi đơn, mã hóa các protein cấu trúc và phi cấu trúc tham gia vào quá trình xâm nhập, nhân lên và né tránh miễn dịch của vật chủ. TMUV được xác định là nguyên nhân gây bệnh “giảm trứng ở vịt” tại Trung Quốc vào năm 2010 và ảnh hưởng đến nhiều giống vịt. Tại Việt Nam, nghiên cứu đầu tiên phát hiện TMUV bằng PCR từ vịt nghi nhiễm tại Hà Nội cho thấy các chủng virus có liên quan di truyền với chủng từ Thái Lan. Do đó, việc nghiên cứu dịch tễ và di truyền học của các chủng virus TMUV là cần thiết nhằm phát triển vaccine và xây dựng chiến lược phòng chống hiệu quả.

Phương pháp nghiên cứu

Mẫu bệnh phẩm: 130 mẫu mô (não, gan, phổi, thận, túi Fabricius) từ vịt 2–7 tuần tuổi được thu thập tại Hà Nội, Bắc Giang, Hải Dương, Thái Nguyên, Thái Bình và Hưng Yên.

Xét nghiệm: Thực hiện kỹ thuật RT-PCR để phát hiện virus, sau đó giải trình tự một phần gen vỏ (E) và tiền màng (prM) của 5 chủng TMUV đại diện.

Phân tích di truyền: So sánh trình tự gen với các chủng từ Trung Quốc và chủng vaccine TMUV hiện có.

Kết quả nghiên cứu

Tỷ lệ nhiễm  tembusu

Trong nghiên cứu này, có 21 trên 130 mẫu mô vịt (chiếm 16,15%) được phát hiện dương tính với virus Tembusu (TMUV) thông qua phương pháp PCR. Tỷ lệ nhiễm virus ở các địa phương có sự khác biệt rõ rệt, cao nhất là tại Bắc Giang (30%) và Thái Nguyên (26,67%), tiếp theo là Hải Dương (16,67%), Hà Nội (10,42%), Hưng Yên (10%) và thấp nhất là Thái Bình (4,76%). Xét theo quy mô trại, trong tổng số 38 trại được khảo sát, có 9 trại (23,68%) có vịt dương tính với virus. Trong đó, Hải Dương có tỷ lệ trại nhiễm cao nhất (50%), kế đến là Thái Nguyên (33,33%), Bắc Giang (27,27%), Hưng Yên (25%), Hà Nội (18,18%) và Thái Bình (14,29%).

So sánh với các chủng virus từ GenBank, các chủng Việt Nam có mức tương đồng cao nhất với các chủng từ Trung Quốc như GX2012 và SD201120, dao động từ 96,38–96,78%. Phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy cả năm chủng TMUV của Việt Nam tạo thành một nhánh con mới (2.1b), gần với các chủng Trung Quốc nhưng tách biệt rõ rệt với chủng vaccine.

Về biến đổi axit amin trên protein E, có ba đột biến chính được ghi nhận ở các chủng Việt Nam gồm: 110 (K→E), 157 (A→V), và 345 (D→N), trong đó vị trí 345 chỉ có ở hai chủng VNUA-102 và -117. Trong khi đó, chủng vaccine có đến 11 vị trí thay đổi axit amin. Không có sự kiện tái tổ hợp nào được phát hiện trên các chủng Việt Nam, và phân tích áp lực chọn lọc cho thấy có 169 vị trí trên protein E chịu chọn lọc âm, không phát hiện vị trí nào chịu chọn lọc dương. Những kết quả này cho thấy các chủng TMUV ở Việt Nam là các chủng dã chiến mới, có đặc điểm di truyền riêng biệt, khác với chủng vaccine hiện hành.

Thảo luận

Nghiên cứu hiện tại đã tiếp tục khảo sát tình hình nhiễm TMUV trên vịt tại một số tỉnh miền Bắc, đồng thời phân tích di truyền 5 chủng virus mới. Kết quả cho thấy các chủng này tạo thành một nhánh di truyền riêng biệt (2b), khác biệt với chủng vaccine Trung Quốc hiện hành, cho thấy đây là các chủng virus lưu hành ngoài thực địa.

Tỷ lệ mẫu và trại vịt dương tính với TMUV lần lượt là 16,15% và 23,68%, thấp hơn so với dữ liệu từ Trung Quốc (46,59%) do sự khác biệt về thời gian, địa điểm và quy mô khảo sát. Đặc biệt, vịt non 2–4 tuần tuổi có tỷ lệ nhiễm cao nhất (59,26%), trong khi vịt >4 tuần tuổi chỉ là 5,43% và không phát hiện ca nhiễm nào ở vịt

Phân tích di truyền dựa trên gen E và prM cho thấy các chủng TMUV Việt Nam có nguồn gốc gần với các chủng từ Trung Quốc. Không có sự đột biến nào tại các vị trí glycosyl hóa (103, 154, 314) hay các histidine quan trọng trong quá trình hòa màng virus. Ba vị trí thay đổi axit amin đáng chú ý được ghi nhận là 110 (K→E), 157 (A→V) và 345 (D→N), tuy chưa rõ ảnh hưởng sinh học cụ thể và cần nghiên cứu thêm. Ngoài ra, nghiên cứu không phát hiện bất kỳ sự kiện tái tổ hợp nào giữa các chủng Việt Nam, đồng thời ghi nhận 169 vị trí trên protein E chịu áp lực chọn lọc âm, phản ánh xu hướng bảo tồn di truyền của virus trong quần thể. Những phát hiện này là cơ sở quan trọng cho việc phát triển vaccine và chiến lược kiểm soát TMUV tại Việt Nam.

(Nguồn: https://www.frontiersin.org/journals/veterinary-science/articles/10.3389/fvets.2024.1366904/full)