Phát hiện các chủng virus dịch tả lợn châu Phi tái tổ hợp di truyền giữa genotype I và II ở đàn lợn nuôi tại Việt Nam

07-05-2025

Virus Dịch tả lợn châu Phi (ASFV) độc lực cao thuộc genotype II phân loại theo trình tự gen mã hoá protein p72 lần đầu tiên xuất hiện ở Trung Quốc vào năm 2018, sau đó nhanh chóng lan sang các nước lân cận ở châu Á bao gồm: Việt Nam, Myanmar, Hàn Quốc, Indonesia, Philippines, Campuchia, Ấn Độ và Bangladesh. Năm 2021, Trung Quốc đã báo cáo việc phát hiện các chủng ASFV genotype I độc lực thấp (Pig/HeN/ZZ-P1/2021 và Pig/SD/DY-I/2021) có độ tương đồng di truyền cao với các chủng không gây hấp phụ hồng cầu NH/P68 và OURT88/3 được phân lập lần lượt vào năm 1968 và 1988 tại Bồ Đào Nha. Năm 2023, Trung Quốc tiếp tục báo cáo sự xuất hiện của các chủng ASFV tái tổ hợp có độc lực cao mang thông tin di truyền của cả genotype I và II (rASFV I/II) từ các tỉnh Giang Tô (JS/LG/21); Hà Nam (HeN/123014/22) và Nội Mông (IM/DQDM/22). Vắc xin sống nhược độc chế từ chủng HLJ/18–7GD (đây là chủng virus xoá 7 gen có nguồn gốc từ chủng ASFV genotype II) không có tác dụng bảo hộ lợn thí nghiệm chống lại các chủng ASFV tái tổ hợp có độc lực cao thuộc genotype I và II ở trên.

Tại Việt Nam, đợt bùng phát dịch tả lợn châu Phi đầu tiên được báo cáo ở tỉnh Hưng Yên vào năm 2019. Chủng virus gây bệnh sau đó được xác định là chủng ASFV genotype II độc lực cao, giống các chủng lưu hành ở Trung Quốc vào thời điểm đó. Một nghiên cứu khác ở Việt Nam của Lê Văn Phan và cs., (2024) cho thấy đã phát hiện thấy chủng ASFV tái tổ hợp có độc lực cao thuộc genotype I và II (rASFV I/II) trên đàn lợn nuôi. Cụ thể từ tháng 9 đến tháng 10 năm 2023, 26 mẫu máu lợn nghi nhiễm ASFV từ các hộ chăn nuôi ở 6 tỉnh miền Bắc của Việt Nam (Hải Dương, Bắc Giang, Hà Nội, Phú Thọ, Tuyên Quang và Thái Nguyên) đã được thu thập và kiểm tra bằng phương pháp Realtime-PCR để phát hiện ASFV. Kết quả cho thấy tất cả các mẫu đều dương tính với ASFV với giá trị chu kỳ ngưỡng (Ct) nằm trong khoảng từ 16,58 đến 32,13. Các mẫu dương tính với ASFV được tiếp tục giải trình tự các gen B646L (mã hoá cho protein p72), E183L (p54) và EP402R (CD2v). Kết quả giải trình tự gen và phân tích cây phả hệ cho thấy có 6/26 mẫu mang trình tự gene B646L thuộc genotype I, nhưng trình tự gen mã hoá protein p54 thuộc genotype II và gen mã hoá protein CD2V thuộc serotype VIII. Sáu mẫu dương tính với ASFV này cũng có khả năng hấp phụ hồng cầu khi gây nhiễm trên tế bào đại thực bào phế nang phổi lợn. Phát hiện này tương tự như các chủng ASFV tái tổ hợp phát hiện thấy ở Trung Quốc (Hình 1).

Hình 1. Cây phả hệ của ASFV dựa trên các trình tự gene mã hoá cho các protein p72 (A), p54 (B) và CD2v (C) tại Việt Nam năm 2023. Hình vuông màu đen biểu thị chủng rASFV I/II từ Việt Nam, vòng tròn màu đỏ biểu thị chủng rASFV I/II từ Trung Quốc, các vòng tròn màu đen biểu thị chủng ASFV genotype II được báo cáo đầu tiên ở Việt Nam, và các hình tam giác màu xanh biểu thị chủng ASFV genotype I ở Trung Quốc. ASFV – Vi rút dịch tả lợn châu Phi; rASFV I/II – ASFV tái tổ hợp thuộc genotype I và II.

Để nghiên cứu sâu hơn về hệ gen của 6 chủng ASFV ở trên, 10 gene khác của ASFV là: MGF-505–1R; B119L [9GL]; I177L; DP96R [UK]; A238L; A137R; MGF 360–12L; I226R; B602L và IGR [giữa I73R và I329L] cũng đã được giải trình tự gen. Các trình tự gen thu được đã được công bố trên ngân hàng gen quốc tế GenBank: gene p72 (Mã số GenBank: OR999183–88); gene p54 (Mã số GenBank: OR999177–82); gene CD2v (Mã số GenBank: OR999147–52); gene B119L (Mã số GenBank: OR999135–40); gene DP96R (Mã số GenBank: OR999153–58); gene B602L (Mã số GenBank: OR999141– 46); gene I177L (Mã số GenBank: OR999159–64); gene MGF 505–1R (Mã số GenBank: OR999171–76); gene A238L (Mã số GenBank: PP464965–70); gene A137R (Mã số GenBank: PP464971–76); gene GR (Mã số GenBank: OR999165–70). Kết quả phân tích di truyền cho thấy 9/10 trình tự gen của 6 chủng ASFV tại Việt Nam tương đồng 100% ở cấp độ nucleotide với trình tự gen tương ứng của 3 chủng ASFV tái tổ hợp (JS/LG/21, HeN/123014/22 và IM/DQDM/22) đã được báo cáo ở Trung Quốc, ngoại trừ vùng biến đổi trung tâm CVR. Trình tự nucleotide ở vùng CVR có sự khác biệt giữa các chủng Trung Quốc và Việt Nam, cũng như giữa các chủng Việt Nam về sự chèn thêm hoặc xoá đi của đoạn trình tự nucleotide với kích thước khác nhau (Hình 2). Kết quả nghiên cứu của Lê Văn Phan và cs đã được công bố trên tạp chí khoa học quốc tế có uy tín Emerg Infect Dis (https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/30/5/23-1775_article).

Hình 2. So sánh sự khác biệt vùng CVR giữa các chủng rASFV I/II Việt Nam, Trung Quốc và các chủng genotype I từ Trung Quốc, được thu thập từ đàn lợn nuôi ở Việt Nam và Trung Quốc. Các số trong ngoặc đơn là mã số GenBank. ASFV – Vi rút dịch tả lợn châu Phi; rASFV I/II – ASFV tái tổ hợp thuộc genotype I và II; CVR – vùng biến đổi trung tâm.

Như vậy nghiên cứu của Lê Văn Phan và cs., (2024) là nghiên cứu đầu tiên tại Việt Nam công bố chính thức về sự xuất hiện của các chủng ASFV tái tổ hợp giữa genotype I và II. Tương tự như tình hình ở Trung Quốc, các chủng ASFV tái tổ hợp mới được phát hiện ở Việt Nam có nguy cơ vượt qua sự bảo hộ của các vắc xin nhược độc xoá gene có nguồn gốc từ chủng cường độc genotype II đang lưu hành, đặt ra một thách thức lớn cho việc kiểm soát dịch bệnh ASF vẫn đang diễn ra phức tạp tại Việt Nam.

Nguồn: https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/30/5/23-1775_article